药店主税种是增值税，地税与国税都要申报。
现在是网上申报，登录国税和地税网站，按照要求填写申报表。
网上报税操作流程分为以下几步：
（第一步）填写申报表
利用“填写申报表”功能填写需申报的申报表。没有在地税部门做过税种登记的税种，网上不能申报；分主附表的，先填写并保存所有附表，然后打开主表进行编辑或直接保存，如：营业税申报。
（第二步）正式申报
利用“正式申报”功能将已填写并保存过的申报表正式申报到地税征管系统。申报表正式申报成功后，不能再进行填写和修改。未正式申报或正式申报失败的申报表，其包含的税种按未申报对待。
（第三步）网上划款
利用“网上划款”功能对正式申报的申报表进行开票，开票成功后，地税局会根据开票信息进行划款，纳税人可在一日后通过“网上划款”功能的实缴查询获取地税扣款信息。
（第四步）申报查询、划款查询
正式申报及网上划款结束后应利用“申报查询”、“划款查询”进行申报查询、划款查询。确保需要申报的申报表都已经申报、划款成功。
（第五步）打印申报表和完税证明。
正式申报成功后，可以通过“申报查询”功能打印出申报表（纸张为A4纸）。
扣款成功后，可以到开户银行打印完税凭证。
药店国税主要税种及税率：
1、增值税（小规模纳税人税率为3%，一般纳税人税率为17%—6%）
2、企业所得税（利润总额*25%）。新所得税法规定法定税率为25%，内资企业和外资企业一致，国家需要重点扶持的高新技术企业为15%，小型微利企业为20%，非居民企业为20%。
药店地税主要税种及税率：
1、城建税（增值税+营业税+消费税）纳税额*适用税率，这里的适用税指纳税人所在地市区的税率为7%，在县城、镇、大中型工矿企业不在县城、镇的税率为5%，不在市区、县城、镇的税率为1%
2、教育附加费（增值税+营业税+消费税）纳税额*3%
3、地方教育费附加（增值税+营业税+消费税）纳税额*2%
4、水利建设基金（按照销售收入的0.1%来计提和交纳）
5、企业所得税（利润总额*25%）。新所得税法规定法定税率为25%，内资企业和外资企业一致，国家需要重点扶持的高新技术企业为15%，小型微利企业为20%，非居民企业为20%。
6、印花税 按购销金额0.3‰
